Yazılımlar

MLSA analizi ile Fungi türlerini ayırt edebilmek amacıyla elde edilen sekansların aşağıda belirtilen yazılımlar kullanılarak işlenmesi gerekmektedir. Aşağıda verilen linklerden gerekli olan MLSA Veri Bankası Entegre Edici yazılımı, MLSA Tür Belirleme yazılımı ve MEGA6 yazılımı indirilir.

Kurulum

MEGA 6 programı için indirme linki takip edilerek MEGA sitesinde bulunan:

Windows – GRaphical (GUI) – Older Version seçenekleri seçilip “Download” butonuna basılır.

indirme formu doldurulur ve formun sağ tarafında yer alan “which version” kısmında 6.0 (GUI for windows) seçeneği işaretlenerek indirme işlemi tamamlanır.

MLSA Veri Bankası Entegre Edici ve MLSA Tür Bulma programları sıkıştırılmış dosyalar olarak direkt indirilir ve programlar açılarak içerlerindeki .exe uzantılı dosya ile direkt olarak kullanılabilir.

Analiz Adımları

Programlar kurulduktan sonra MLSA analizi için ilk önce MLSA Veri Bankası Entegre Edici programı açılır.

 

 

Program üzerindeki giriş satırlarına önce organizma ismi ardından ilgili sekanslara ait veriler girilir. “Onay” butonuna basılır ve ardından “kaydet” butonuna basılarak kaydedilecek dosyanın ismi ve dizini seçilir. Ardından programdan çıkış yapılır.

Oluşturulan dosya “Notepad” veya “Microsoft Word” gibi bir “Text Editor” yardımıyla açılır, ve dosyadaki tüm veriler “Ctrl A ve ardından Ctrl C” komutlarıyla veya diğer yöntemlerle seçilirek kopyalanır ve analizlere MEGA 6 ile devam edilir.

 

“MEGA 6” yazılımı açılır. “Align”→”Edit/Build Alignment”→”Create New Alignment” →”OK” →”DNA” sekmeleri/tuşları seçilerek “DNA Sequences” sayfası açılır. Bu sayfaya “Ctr V” komutuyla, daha önce kopyalanan veriler yapıştırılır.

 

“Alignment” →”Align by ClustalW” →”OK” sekmeleri seçilerek hizalama başlatılır.

 

“Some squences are too divergent to be aligned” uyarısı çıktığında “Ignore” tuşuna basılır.

Elde edilen hizalama dosyası “Save” tuşuna basılarak, kullanıcının belirlediği bir dizine kayıt edilir.

MEGA 6 yazılımı kapatılır ve sonra tekrar açılır. “Distance” →”Compute Pairwise Distances” sekmeleri seçildikten sonra, program veri girdisini sağlayacak dosyayı

kullanıcının seçmesini talep edecektir. Bu durumda bir önceki adımda kayıt edilen hizalama dosyası seçilir.

 

“Compute” komutuna basılınca, yazılım uzaklıkları hesaplayarak bir uzaklık matrisi oluşturacaktır. Bu matrisi kayıt etmek için “File” →”Export/Print Distances” sekmeleri seçilir. Açılan pencerede “Output Format” olarak “Unformatted Text” seçilir ve daha sonra “Print/Save Matrix” tuşuna basılır.

Açılan pencerede “Save” tuşuna basılarak, oluşturulan dosya, kullanıcının belirlediği dizine, kullanıcının belirlediği isimle girilir.

“MLSA Tür Belirleme” yazılımı açılır. Yazılımda “Dosya Aç” butonuna basılır, oluşturulan uzaklık matris dosyası seçilir ve “aç” tuşuna basılır.

 

Program üzerinde “Sonuç” tuşuna basılır ve analiz edilen suş ile ilgilli sonuç sayfası elde edilir.

 

Analiz edilen suşun, veri bankasında bulunan diğer suşlarla uzaklıklarını gösteren dendrogramlar elde edilmek istendiğinde “MEGA 6” yazılımı tekrar açılır. “Phylogeny” →”Construct/test Maximum Likelihood Tree” sekmeleri seçilir. Dosya seçim penceresi açıldığında, daha önceki adımda kayıt edilen hizalama dosyası seçilir, “Compute” tuşuna basılır ve dendrogram çizilir.