MLSA Fungi

MLSA (Multilokus Dizi Analizi), yakın türlerin ayrımında kullanılan hızlı ve etkili yöntemdir. Bu yöntem ile seçilen birden fazla gen bölgesinin aynı anda birlikte analiz edilmesi yoluyla tür sınıflandırmasında detaylı sonuçlar elde edilmesi mümkün hale gelir. MLSA yönteminde çoğaltılmış hedef bölgeler arka arkaya eklenerek bir zincir dizi oluşturulur ve bu dizideki varyasyonlar ile tür düzeyinde taksonomik analizler yapılır. İncelenen suşların türler için kümelenme profilleri değerlendirilir. Burada önemli noktalardan biri seçilen genlerin analiz edilecek türlerde mevcut olması ve yeterli çeşitlilik içermesidir. MLSA için seçilen genlerin şu özelliklere sahip olması önemlidir:

Analiz edilmesi planlanan taksonomik birim içinde korunmuş olması
Rekombinasyonun avantaj sağlamaması
Birbiriyle yakın ilişkili olmayan genler olması

MLST ve MLSA terimleri birbirinin yerine kullanılılıyor olsa da bu yaklaşım doğru değildir. MLST yönteminde her lokustaki allel dizilerine numaralar atanarak, aynı lokusta aynı allellere sahip olan suşlar aynı dizi tipine sahip kabul edilir. Her dizi tipi de bir numaraya sahiptir. MLST sonrası analizler çoğunlukla allel numaralarına ve dizi tiplerine dayanır. MLSA sonrası analizlerde ise gerçek DNA dizileri kullanılır. MLST genellikle iyi tanımlanmış türlere ait suşların tiplendirilmesinde kullanılırken MLSA ise çoğunlukla tür sınırları belirsiz olduğunda, tür ayrım ve tanımlamalarında kullanılmaktadır.

MLSA bakteriyel sistematikte, mevcut taksonomik metotlarla yakın türlere atanmış suşların kümelenme paternlerinin araştırılması amacıyla uygulanmaktadır. Bu sayede bir cinse ait veya daha geniş bir taksonomik gruptaki türler arasındaki ilişkinin incelenmesi ve taksonomik analizlerin yapılması mümkün olmaktadır. Bugüne kadar bakteriyel türlerin incelendiği birçok çalışmada fenotipik ve rRNA’ya dayalı analizlerin yetersiz kaldığı durumlarda verimli bir alternatif olarak ortaya çıkmaktadır. MLSA’nın fungal türlerin sınıflandırılmasında kullanıldığı az sayıda çalışma da mevcuttur. Bu çalışmalar tür tanımlamalarının iyileştirilmesine katkıda bulunsa da bu alanda önemli ilerlemeler sağlayacak kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır.

Bu web sitesinin amacı; dünyadaki ilk ve kapsamlı Fungal MLSA veri tabanını araştırmacıların hizmetine sunarak, fungal türlerin incelendiği çalışmalarda fenotipik ve ITS DNA dizilemesine dayalı analizlerin yetersiz kaldığı durumlarda araştırmacılara etkin bir alternatif sunmaktır.